A ANTAQ também foi criada pela Lei 10.233, de 5 de junho de 2001, com a finalidade de regular, supervisionar e fiscalizar as atividades de prestação de serviços de transporte aquaviário e de exploração da infra-estrutura portuária e aquaviária, exercidas por terceiros.

Nos termos da Lei n.º 9.432, de 20 de fevereiro de 1997, os tipos de navegação existentes são: (i) a navegação de apoio portuário, realizada exclusivamente nos portos e terminais aquaviários para atendimento a embarcações e instalações portuárias; (ii) a navegação de apoio marítimo, realizada para o apoio logístico a embarcações e instalações em águas territoriais nacionais e na Zona Econômica Brasileira, que atuem nas atividades de pesquisa e lavra de minerais e hidrocarbonetos; (iii) a navegação de cabotagem, realizada entre portos ou pontos do território brasileiro, utilizando a via marítima ou esta e as vias navegáveis interiores; (iv) a navegação interior, realizada em hidrovias internas, em percurso nacional ou internacional; e (v) a navegação de longo curso, realizada entre portos brasileiros e estrangeiros.

A navegação de longo curso e a navegação interior de percurso internacional podem ser realizadas por empresas de navegação e embarcações de qualquer país, enquanto os demais tipos de navegação ficam restritos a empresas brasileiras de navegação e embarcações de bandeiras brasileiras, ou embarcações estrangeiras que tenham sido fretadas por empresas brasileiras de navegação, com a devida autorização da ANTAQ.

Para que obtenham a autorização da ANTAQ para operarem como empresas brasileiras de navegação, as interessadas devem ser constituídas de acordo com as leis brasileiras e ter sede e administração no País. Além disso, devem, alternativamente: (i) ser proprietárias de pelo menos uma embarcação de bandeira brasileira; (ii) apresentar contrato de afretamento de embarcação de bandeira brasileira; ou (iii) apresentar contrato e cronograma físico e financeiro da construção de embarcação, comprovando que pelo menos 10% do peso leve da embarcação já está concluído. Ademais, no caso de navegação marítima, as empresas devem atender aos requisitos técnicos, econômicos e jurídicos estabelecidos pela Resolução ANTAQ nº 843/2007, e alterações posteriores. No caso de navegação interior, as normas aplicáveis são: Resolução ANTAQ nº. 356/04 (transporte de carga), Resolução ANTAQ nº. 912/07 (transporte de passageiro e misto – de cargas e de passageiros), Portaria MT nº. 214/98 (transporte de travessia), e Portaria MT Portaria MT nº. 412/97 (afretamento de embarcação estrangeira).